Oppgavene i SAMDOK velges for ett år av gangen, men sees også i et langsiktig perspektiv. Noen oppgaver går ut over års-rammen; da legges det opp delmål underveis.

Det konkrete arbeidet med SAMDOK-oppgavene foregår hovedsakelig i arbeidsgrupper som blir opprettet der dette er hensiktsmessig. I enkelte tilfeller fungerer delprosjektgruppen som arbeidsgruppe.

Det rapporteres årlig om resultater og eventuell videre fremdrift for alle oppgavene.